教育司担负着陪养后备人材的重要任务，自然不能轻视。按照商毅的要求，八岁以上，十七岁以下的少年，不限男女，都可以免费到学校中学习读书认字数学。现在以有近四千多名少年入学，女学占寥寥无几，还不到百名，同时商毅也考虑到在中国古代的农村家庭里，孩子其实也是家里的一个劳动力，因此学习的时间只定为半天，另外半天还可以帮家里做些事情。
商毅当然不打算把这批少年陪养成只会读四书五经、应考科举的书呆子，但对中国的传统知识也不能放之不理，因此将学习的内容分为两部份，中国传统教育和西方的科学知识。中国传统教育自然是四书五经，同时还加入一些其他经书，如［史记］［资治通鉴］一类。而西方的科学知识暂时只有数学和物理课，其他如地历，天文暂时不考虑，由传教士们拿出一个初步的教学计划来再说。
现在学校里到是有二十几个秀才在教书，还有二个是举人，中国传统教育这方面到是不缺人手，但西方的科学知识只能先依靠传教士了。
出任教育司主事的陈文义是个举人出身，到是一个地地道道传统儒生，对商毅推崇的西式数学，物理等教学十分反感。不过这个人还不算是个死脑筋，也没有那种死守道义的精神，当一个教育司主事，每月可有十八两银子的薪水拿，比朝廷给得还高，虽然没有外水可捞，但这就够了，在这兵慌马乱的年月里，上那儿去找这祥好的差事，致于商毅要求学生学什么，那就去学呗，反正又不是自己教，都是由那些番僧负责。因此尽管陈文义心里诽谤，但表面上却一点反对的意思都没有。
同时商毅将入学的少年分为三个年龄层，八至十一岁为初级学员、十一至十四为中级学员，十四至十七为高级学员。针对各年龄层的学生，制定的学习内容也都不同。初级学员和中级学员都是从最基础的知识开始学起，循序渐进，逐步提高，而中级学员以经开始加入一些军事教育了，而高级学员则学习识字和基本的数学就行了，并且还要参加一定的军事训练，以便到了十八岁之后，就可以补充进军队里来了。其他专业需要，再进行专业知识的陪训。
当然目前商毅手下就只有这一所学校，什么都教，全都混杂在一起，而在未来商毅还考虑要成立专业的军事学校，专门陪养军事人材。
巡检司是负责维护地方治安的部门，按照商毅的想法，从地方民军中选出三百六十名巡检士兵，以三十人为一队，分为十二队，每队设队长一名，临朐县和清水县各设五个巡检队，穆陵关只用两个。因为商毅时辖区内基本是实行军管，地方安全有军队驻守，基本能够得到保证。巡检司的任务只是解决民间的打架斗殴，小偷小摸，零散盗贼等问题。因此只用这三百多人就足够了。
商毅到是不担心别的，就是怕自己离开穆陵关之后，巡检司的主事王仲平借着这个机会假公济私、渔肉乡里，把自己集团以前好不容易才建立起来的名声和亲民的形像给破坏了。因为王仲平过去是沂水县的巡检，这类事情恐怕也干过不少，商毅对原来的官府中人就最不放心，但暂时又找不到合适的人选，毕竟他是干过巡检的人，还是有些经验，也只能先将就用着。
因此商毅一方面从制度上限制巡检司的权力，规定巡检司只有抓捕权，而没有审判权，一但抓到嫌疑人，一率交给行政司来审讯、判决。就是抓捕，也必须得到行政司的批下的抓捕令才能施行抓捕任务，绝对禁止无令胡乱抓人，更禁止巡检司私自使用刑法。而审判权、民事仲裁权，判决权都属于行政司管，商毅对周世奇的人品和能力还是放心的。
同时商毅又让叶瑶瑱严密监视王仲平，一但发现他有什么不妥当的行为，就立刻制止，并且更换。
这两个部门就这样建立完成了，而商毅剩下的最后一件事情, 就是穆陵关的规模和城墙重建工程, 是否还要继续进行下去。