清军又要集中大军，进攻湖北。商毅到并不担心，甚致还十分高兴，因为清军进攻湖北的兵力越多，就意味着驻守南京的兵力越少。对下一步收复南京的战斗，也就越是有利。
而现在商毅真正需要操心的，是解除浙江南面的危胁，因此在七月底的时候，商毅也乘船离开杭州，亲自赶奔南澳，和郑成功会面，支助他立刻起兵。
由于第一、二分舰队己经都被列入参加跨海突袭的舰队，因此这次出行，商毅只带着第三、四分舰队出发，而旗舰还是使用的老舰银号舰，而没有使用新造的岳飞号，同时随军还带了一个步兵旅。
因为现在福建己经基本被清军占领，为了不让清军发现自己的行动，因此这次从海到达南澳的航线，商毅并没有选择直接穿过台湾海峡，而是绕道从台湾东部航行，从台湾南端弯进来，绕了一个大圈，才到达南澳岛。
商毅一行船队到达南澳岛的时间是八月六日，这时离郑成功起誓抗清已经过去了一个月的时间。在这一个月的时间里，郑成功在陈豹的帮助下，又招降了好几支郑芝龙的小股余部杨期潢、杜辉、洪政等人，部众己经扩大到六千人，各种大小战船约有百余艘。如果再加郑鸿逵部的三千余人，差不多己经有近万的兵力了。
而在其中，沈寿岳己经先期到达南澳岛，支助给郑成功的钱粮也发挥了相当大的作用，因为只有对归顺的部众给粮，开饷，才能够稳军心，吸引更多的人来加盟，否则讲再多的大道理也不好使。因此正是有了这一批钱粮，才使郑成功招降父亲余部时的底气，也比郑鸿逵和郑彩都足多了。
这一次商毅又给郑成功送来了火枪一千二百支，其中煫发枪有二百支，各种火炮五十门，包括十门二千七百斤的红夷大炮。以及盔甲二千件，刀枪器械五千余件。这些都是同清军作战时缴获来的，到不是商毅舍不得把兵工厂里生产的火器送给郑成功，而是因为兵工厂生产的火枪火炮都是用雷汞打火发射，如果送给郑成功这样的火枪火炮，就必须长达给他供应火帽，这显然是不现实的。
不过现在郑成功人马招集了不少，但正缺少军械武器，这次送来的武器又是一次极时的供应，因此郑成功对商毅自然更是衷心感激。
商毅到达南澳岛时，郑成功也率领部众，盛情迎接了商毅一行。在商毅下船和郑成功见面的时候，郑成功当众向商毅下拜，以师长之礼相待，并且泪流满面，感谢商毅对自已的支持。
看着郑成功对自己一付感激不尽的样子，虽然己经见到过许多这个时代的知名人物，但像郑成功这么对自己感恩待徳的，似乎还从没有过，而且郑成功还是其中名头最响的一下，因此商毅也不觉颇为自豪。
客气了一番之后，郑成功也设下酒宴，招待商毅一行。在酒席宴间，商毅才问道：“明俨，我看南澳岛虽然有大海相隔，但终究只是弹丸之地，何况既无稳居人口，又无产出，因此只可以暂做存身之地，但却不能倚之为成大业之根基。那么下一步你又做何打算呢？”
其实不用商毅提醒，郑成功也在想这问题，现在属于自己直接指挥的军队己有六千余人，又有南澳和安平两个据点，可以说的初步生存问题己经解决了，但六千多人的吃喝做度可不是一个小数目，能够维持到现在，几乎全是靠商毅在支助，但郑成功也清楚，自己不可能总是依靠商毅的支助过日子，必须要能够自己自足才行，而且困守在南澳岛，也难以有更大的发展，因此他也在考虑，在陆地占领一块地盘，做为自巳开展抗清事业的基础。
同时郑成功虽然驻守在南澳岛，但也一直不忘打探陆地的消息，洪承畴和勒克徳浑离开福建，返回南京之后，金声桓和尚可喜两部也都相继离开了福建，转向赣州、广东一线，只有觉罗巴哈纳部还留守在福建，但兵力也己经大大的减少了。
另外由于清军占领了福建之后，因为四处杀戮掠夺，也引起福建地区的乡民百姓的痛恨不满，在清军大部撤离了福建之后，立刻开始强烈反弹，在建宁府、福宁州、邵武府、延平府等地的百姓纷纷都揭杆而起，反抗清军的暴政。虽然这些起义的规模都不大，但却胜在数量多，分布广，也清军四处扑火，十分头疼，因此也可以说，现在确实是郑成功出兵的大好时机。
见商毅问起，郑成功也道：“回禀督师，成功也知南澳一座孤岛，非是久留之地，因此也早有打算，欲取泉州做为基础，然后通洋裕国，大开海道，兴贩各港，以足其饷，然后以图复国报仇。不知督师大人以为如何？”
商毅也点了点头，郑成功选择首先进取泉州，而不是更靠近南澳的漳州，确实是很有战略眼光的。因为泉州是福建省最大的巷口，而且直通入海，地理位置要比漳州好得多，而且郑成功拥有的另一个据点安平城离泉州仅仅只有不足三十里的路程，进攻十分方便。如果能够攻下泉州，不仅可以做为郑成功发展的基地，同时能更好的开展海外贸易，增加财政收入。
另外现在郑鸿逵和郑彩也都是驻守在泉州附近的海域，因此在攻打泉州的时侯，也容易得到他们的帮助，不致于是郑成功自己一个孤军奋战。
顿了一顿之后，郑成功又道：“不过据我所想，进攻泉州，打清虏一个出其不意，获胜的机会很大，但我们攻占了泉州之后，清虏必会发大军来复夺泉州，我的人马刚刚组建，而且精于水战而疏于陆战，因此还请督师大人鼎力相助。”
商毅沉思了一会儿，道：“明俨放心好了，一但你出兵进取泉州，我会让驻守仙霞岭的守军出击，进取建宁府、福宁州，牵制清虏的兵力。如果清虏发大军来复夺泉州，我会率船队北，剩虚袭取福州，届时或许福州，泉州都可以一举而下了。”
郑成功听了，也不禁大为高兴，如果按商毅所说的这样布置，确实有很大的把握一举攻下泉州，有了泉州这个基础之后，自己养精蓄锐，等待机会，进而夺取整个福建。因此又向商毅拜谢道：“成功多谢督师大人相助。”