2219年9月28日，焕然一新的种源号再次出发。
战舰通过传送门离开基地星，通过位于蓝光星的传送门中转，直接赶到云州星。
亚特兰蒂斯行星的位置距离太阳系的直线距离是八百多光年，但是从云州星出发的话，能够抹除五百光年的距离，将航行距离缩短到不足三百光年。
为了掩护种源号的行动，军方安排了一艘满载物资的运输舰通过星门赶到云州星，提前接到通知的传送舰舰长马上安排人手优先补给种源号，等种源号接收了晶体引擎和传送晶体之后，传送舰的舰长和所有知情人员立即被勒令进入运输舰隔离起来，随同运输舰抵达的另一个传送舰船员组接管了云州星的传送舰。
新的船员组所有成员都是由总参二部的情报人员临时客串。
运输舰不紧不慢地卸掉了舰上的所有物资之后，马不停蹄地赶回蓝光星。
在种源号的任务成功或者失败之前，秘密隔离的传送舰船员组将一直处于隔离状态，不得与任何人联系。
由于这次的任务是高度机密，直到出发的时候，种源号上的舰桥组成员们仍然不知道任务的具体内容，直到种源号脱离在未惊动云州独立舰队的情况下悄悄离开云州星系，叶飞仍然没有透露半点口风，只在星图上给蒋雪标记了大致的飞行方向。
虽然叶飞什么也没说，但是所有人都知道这个方向飞往亚特兰蒂斯人的腹地。任务的详细内容大伙猜不到，但可以肯定与亚特兰蒂斯人有关。
因为人手的减少，已经分不出人来专门充当大厨，因此舰上没有携带新鲜蔬菜和肉类，冷库里全是只要在微波炉里热一热就能食用的太空食品。
种源号离开云州星三天之后，剪刀终于忍不住了，问起这一次的任务内容。
叶飞也觉得时机差不多了，于是告诉大家，种源号此次的任务是充当主力部队的尖兵，偷袭亚特兰蒂斯人的首都星。并简单地解释了亚特兰蒂斯行星的防御情况。
大家听罢。舰桥里一下子沉默下来。
共和国的军事科技虽然要比一招鲜的亚特兰蒂斯人强些，但是这一点点优势并不能抹平数量上的巨大差距，六个亚特兰蒂斯舰队，一万两千艘战舰。双方的实力对比简直令人绝望。
大家终于理解叶飞为什么会在出发前将黑熊等人排除在任务名单之外。也明白了叶飞为什么要求两对夫妻留下生殖细胞——舰桥里的夫妻档原本只有剪刀和蒋雪。但是前几天叶飞说得太严重，原本只是男女朋友的阮鹏和夏卓烟不想留下遗憾，赶在出发前办理了登记手续。虽然没来得及操办婚礼，但是在法律上，他们已经是一对合法的夫妻了。
叶飞不希望大家的情绪因为任务而陷入低潮，可是他根本不知道该如何劝解，好在距离抵达任务区还有差不多一个星期的时间，大家都是久经战场的老兵了，叶飞相信大家能在这段时间里慢慢调整好各自的心情。
2219年10月10日，种源号悄然抵达亚特兰蒂斯星系的外围。
种源号脱离超光速之后，立即开启伪装系统，以常规飞行方式飞走，以免亚特兰蒂斯人在发现空间波动之后追上来。
飞远的种源号侦察设备全部满功率运转，这个星系方方面面的情报迅速汇集到种源号之上，远比徐世杰了解的那一点点要详细得多。
徐世杰给他看的星图只是根据情报制作出来的，与实际情况有着巨大的差异，所以叶飞必须首先侦察这里的详细情况，才能决定下一步的行动方案。